1、提交医疗器械经营许可证的办理申请以及相关材料，由药监部门查验申请材料是否符合基本要求，并决定是否受理。

2、进行现场审核，药监部门派一至三名的审核员到企业经营场所进行现场审核，若是不符合要求提出整改意见，企业整改之后仍不符合的给出不予许可通知。

3、发放证书，药监部门根据相关的材料决定是否给予企业发放经营许可证，并在相关网站上进行企业信息公示。无异议之后则通知企业领取医疗器械经营许可证。

医疗器械相关业务有很多种，要注意的是，企业运营的业务不同步，需要申请不同的医疗器械经营许可证，要求也各不相同，要事先了解清楚，企业需要的是哪一个，符合要求再去申请。